In 1639 leverde Arent van ’s-Gravesande als stadsarchitect van Leiden het eerste ontwerp voor de Marekerk. Zijn leermeester Jacob van Campen veranderde er nog het een en ander aan en in 1649 was de bouw van de Marekerk klaar.

De Marekerk is een typisch voorbeeld van protestantse kerkbouw en een van de eersten in Holland die speciaal voor de protestantse dienst werd gebouwd. In de achthoekige centraalbouw staat de preekstoel in het midden. Daardoor zitten de kerkgangers altijd om de opengeslagen Bijbel.
De preekstoel stamt uit 1649 en is gebaseerd op de preekstoel van de Nieuwe Kerk te Haarlem.